"Hundred" es la única arma que puede oponerse a la misteriosa forma de vida "Savage" que visita la tierra. El protagonista, Kisaragi Hayato, aspira a convertirse en un maestro de artes marciales utilizando este Hundred. Consiguió entrar en el acorazado universitario Little Garden. Sin embargo- "¡¡¡Quiero verte, Hayato!!!" "¿C-Cómo sabes mi nombre?" Alrededor del compañero de cuarto, Emil Crossford, que de alguna manera lo conoce bien (¿?), Hayato tiene una sensación incómoda. Es más, justo después de la ceremonia de entrada, es invitado a un duelo por la maestra de artes marciales más fuerte del campus, la "Reina" Claire Harvey...? ¡La batalla definitiva de la academia comienza aquí!